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肿瘤的正确诊断尤其是早期诊断意义重大，而传统的诊断手段多不理想。几年前，临床蛋白质组学技术的出现给沉寂的肿瘤诊断领域带来了新的希望，在肿瘤诊断甚至早期肿瘤诊断方面捷报频传。但也由此引发了许多争议。
２００２年，Ｌａｎｃｅｔ发表的一篇关于利用蛋白质质谱诊断卵巢癌的论文将争论推向了高潮。
在该研究中，研究者利用蛋白质质谱技术分析血样中的蛋白质分布模式，并基于这些模式进行
临床卵巢癌的检测。
结果显示，５０例卵巢癌患者全部正确检出，其中１８例为Ⅰ期卵巢癌患者；６６例妇科良性肿瘤患者中正确检出６３例。研究者认为，该方法检测卵巢癌的敏感性、特异性和阳性预测值分别为１００％、９５％和９４％，不仅优于传统的ＣＡ１２５检测，对于早期卵巢癌的诊断也十分有效。
这些惊人的数据立刻赢得了广泛的喝彩，美国国会决定大力资助该项目，并将其命名为ＯＶＡＣｈｅｋ计划。同时，该研究成果被“美国消费健康杂志”评为“年度十大医学创举”之一。
质疑一
ＯＶＡＣｈｅｋ计划推行之初就受到了质疑。
反对者认为，将蛋白质组学这样一个不成熟的技术迅速推广到临床十分危险，专家和决策者们应首先建立完善的执行标准，确定无误后方可用于临床。正如Ｆｒｅｄ Ｈｕｔｃｈｉｎｓｏｎ癌症中心的马丁所言，早期诊断并非是无风险行为。因为一旦诊断错误，假阳性患者可能会接受不必要的手术打击，而假阴性患者可能失去进一步接受筛查的机会。
质疑二
对于该研究中利用蛋白质质谱技术得出的试验结论，也遭到多方质疑。
２００３年６月，美国马里兰州的两名生物统计学家在重新分析了该研究的数据后，分别提出了相似的质疑。他们认为，该研究得出的卵巢癌组和健康对照组血清图谱上的差异是实验假象造成的，而非真实的生物学差异。因为蛋白质质谱是依据不同质核比来区分不同的蛋白质，目前多数蛋白质质谱专家认为，该结果受实验假象或测量误差的影响。当质核比＜２０００时，数据的可信性低，而该研究中卵巢癌组和对照组差异蛋白质的质核比大多＜５００，所以，据此做出的差异诊断是不可信的。
质疑三
Ａｎｄｅｒｓｏｎ癌症中心的生物统计学家基思在分析该研究数据后指出两点，一是文章公布的数据是经过处理的，不能恢复为原始数据；二是３次试验中机器的参数设置并不完全相同。因而，他认为该实验结果存在生物学差别外的干扰因素，不具说服力。
上述事例说明，蛋白质组学技术作为新生技术正处于成长的阵痛中，目前还并未成为肿瘤诊断的实用工具。相反，科学家们尚需摒弃一切可能的偏差，建立一套完善的蛋白质组学诊断技术使用和报告的标准。只有这样，以蛋白质组学为基础的诊断技术才能赢得广大科学家、医师和患者的信任。
临床蛋白质组学：我们是否准备好迎来它的黄金时代？
最早采用蛋白质组学方法分析血清、从而对卵巢癌作出早期诊断的研究结果显示，该方法诊断的敏感性和特异性都在９０％以上，最近的一些研究甚至将其提高到１００％。虽然有研究者认为，该方法仅比单独使用ＣＡ１２５略有提高，但还是有人认为，我们已经准备好迎来诊断检测的黄金时代。
在“ＯｖａＣｈｅｃｋ”项目中，研究者预测其市场为８００～１０００万人，每项检测费用是１００～２００美元，前景相当不错。但是，虽然研究得出的数据确有一定的意义，但却是在违背肿瘤生物学并存在人为因素造成试验设计错误的基础上得到的，从而导致试验结果无法重复。
Ｃｏｎｒａｄｓ等对上述试验进行了改进，他们采用高分辨率质谱仪替代先前使用的低分辨率质谱仪，先检测对照组血清而后检测癌症患者血清。研究显示，癌症患者在第３天的检测结果与对照组的偏差更大。这说明好的仪器并不能弥补实验设计上存在的缺陷。
当然，蛋白质组学方法也取得了一些成绩，Ｚｈａｎｇ等通过血清蛋白质组学分析发现了早期卵巢癌的３个分子标志物，它们均为急性期反应蛋白。该试验设计比较好，督导样本和验证样本不在同一个地方收集，同时将敏感性和特异性与联合使用ＣＡ１２５检测作了比较，目的是为了说明试验设计的重要性，它与检测的稳定性紧密相关。
尽管以前在蛋白质组学方法上取得了一些令人鼓舞的成绩，但是获得大的飞跃还需继续努力。 |
